主要研究兴趣：
（1）基于大数据的医学数据挖掘与分析
（2）基因组与微生物组生物信息学方法和技术
（3）基因组演化与生物进化
主持发展的微生物基因组分析与基因预测系列方法处于领先水平，并被应用于多项微生物基因组测序计划。近年来，致力于发展深度学习、人工智能方法，运用于二代/三代测序技术下的基因组学问题，在病原与病毒的微生物组学分析、人类基因组结构变异检测与疾病关联分析等完成了一系列原创性的工作，申请专利与软件著作权7项。生物信息学算法与工具的工作大部分在Bioinformatics、Nucleic Acids Res.、GPB、GigaScience、Nat. Machine Intelligence等重要刊物发表；近年来与临床医学实验室密切合作，在Gastroenterology、Clin. Gastroenterol. H.、Oxid. Med. Cell Longev.等临床领域重要刊物发表一系列的研究工作。2004年以来，共计发表SCI论文60余篇，其中JCR Q1分区论文30余篇，影响因子超10的论文5篇，研究结果被Cell、Nature、Nature Methods等正面引用或专门报道。
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