发表合作SCI论文超过250篇。
“单晶硅中氢的行为和与氢有关的缺陷”1987年获国家教委科技进步奖一等奖，秦国刚为第一完成人。
2001年获中国物理学会2000－2001年度叶企荪奖。
“纳米硅／氧化硅材料体系发光及其物理机制”2005年获北京市科学技术奖一等奖，秦国刚为第一完成人。
“ 纳米硅／纳米氧化硅体系发光及其物理机制”2007年获国家自然科学奖二等奖，秦国刚为第一完成人。
2008年获何梁何利奖物理学奖。
2014年北京大学国华奖
秦国刚先后指导博士生和硕士生和博士后60余名。博士生中金鹰获第21届半导体物理国际会议最佳青年论文奖和叶企孙物理奖一等奖。林军获叶企孙物理奖二等奖。2012年孟虎获国家奖学金。
近三十年来，已建立了自己的一套培养博士生的方法。例如：除非出差，秦国刚每周至少要与每个他指导的博士生讨论一次。要求学生在讨论前做好Power Point，小结前一周的成果、所遇困难和自己的新认识与新想法。讨论时，由学生先汇报前一周取得的实验或理论研究结果和存在的问题和自己的新认识和新想法。在此基础上，老师与学生一起分析这些研究结果、问题与想法，讨论如何解决困难，提出进一步的研究问题以至提出新任务或新课题。适时地要求学生总结已取得有成果和撰写学术论文。
