1 没有明确表示的潜规则
在传统量子力学教科书以及量子论的工作习惯中，有一个从不明说、却无处不在的 convention：
把表示当本体，用数学表象（波函数、算符、希尔伯特空间结构）直接当成“世界是什么”的描述。
典型的做法包括：
直接把波函数视为“粒子”的全部存在，而不再追问其背后可能的场结构或本体图像；
直接以自旋二值表示、泡利矩阵来定义“自旋是什么”，而不再追问电子内部角动量与磁矩的物理来源；
直接把算符代数与本征值结构当成“可观测量的本体”，而极少问：这个算符究竟对应什么实际的场与运动。
在这种约定之下：
“本体论问题”被快捷地替换成“表示论问题”：
问世界“是什么”，就被转化为问“波函数怎么算”“算符怎么作用”；
量子理论成为一套高效的预测工具（这就是你说的“工具量子论”），
而不再被当作对物质世界结构的认真陈述。
这套 convention 极大提高了操作性——物理系学生可以“只学怎么算，不管世界本身长什么样”。
但相应地，它也在深层制造了你指出的两大后果：
神秘感：因为本体问题被排除在叙述之外，所有关于“世界怎么可能这样”的困惑，只能栖身在算符与波函数的语义缝隙里，变成“测量问题”“诠释问题”“波粒二象性”等说不清的概念纠缠。
难以理解：对那些不满足于“只会算、不管是啥”的人而言，量子力学呈现为一套“只许套用、不可深问”的规则体系；一旦试图深问，只能在工具层面打圈圈。
2 自旋的例子：从“二值表示”到“神秘自旋”
上文关于自旋本体和表示的讨论，是对这一 convention 的一个生动范例：
物理本体层面：
自旋来源于电子内部的角动量结构与磁矩，
在原子中通过自旋–轨道耦合显现为“顺/逆”两类光谱本征态。
表示层面：
二维自旋空间、泡利矩阵、\hat{S}_z = \pm \hbar/2 等，只是对这两类本征态和角动量代数的编码。
教科书却通常从表示层直接起笔，并把它当成本体：
不先讲光谱与内部角动量的物理来源，而直接说“电子有自旋 1/2”“自旋在 z 方向取 \pm \hbar/2”；
不强调“这只是二维谱空间中的本征值结构”，而让读者自然以为“电子本身是一个只能朝上朝下的小矢量”。
结果：
本来只是“如何用最小线性空间编码两种光谱本征态”的一个表示选择，
被自然地当成了“电子在空间中的全部旋转结构”。
这就是：用表示代替本体。
而正是这种代替，使得自旋看起来“既不是经典转动，又只能双值，还是三维空间中的矢量算符”，从而高度神秘化。
3 同样的模式在其他核心概念中一再重复
自旋只是一个最典型的窗口。类似的现象在量子论的其他核心概念中层出不穷：
波函数：
本可以被理解为：在某种谱方法下，对底层场结构的全局模式展开和统计编码；
但工具量子论直接把“\psi(x)”当成“粒子在 x 处存在的全部实在”，甚至被教导“不要再问 \psi 背后是什么”。
测不准原理：
本可被理解为全局谱表示（傅里叶分析）固有的数学限制：不能在同一全局波函数中无限度地同时锐化共轭变量；
但在表示被当成本体的前提下，它被读成“世界本身在本体上是不可定域、不可确定的”，进而衍生出“本质随机性”“现实不存在”等断言。
波粒二象性：
本可以理解为：同一场本体在不同尺度与实验配置下，体现出波状模式或局域事件，两者在本体上是统一的；
但在只剩下波函数和算符的语言中，它被叙述为“微观对象在不同实验前改变本性，有时是波，有时是粒子”，自然显得玄学化。
在这些例子中，共同的症结是：
“用表示代替本体”成为一个未明说但普遍执行的 convention。
4 量子力学神秘和难以理解的症结
从实在论或 NQT 的角度看，这个 convention 有几层严重后果：
把数学工具当作宇宙的直接画像
一旦默认“波函数 = 实在本身”，“自旋二值空间 = 自旋本身”，“算符代数 = 世界的逻辑结构”，
任何对这些工具结构的困惑都会被误认为是“自然本身的荒诞”。
于是，“抽象形式难懂”就直接被升格为“世界本身不可理解”。
切断了从经典/场论到量子论的连续过渡
如果承认“经典场与粒子”仍然是某种层级上的本体，量子形式只是它们的频谱与统计表达，那么许多概念（波函数、不确定性、自旋）都会变得可理解；
但工具量子论以表示替代表象，不鼓励这种从本体出发的还原；
结果就是：量子论像是从天而降的一套纯数学规则，与我们既有的物理直觉被刻意切断，自然难以消化。
把诠释问题变成语言游戏
当本体被放弃，讨论量子诠释就只能在“不同表示语言之间”打转：哥本哈根、多世界、信息论、工具论等，往往只是对同一数学对象的不同形容方式；
很多“深刻的分歧”，实际上是对同一表示结构的哲学态度差异，而不是对底层物理结构的实质性替代表达。
从这个意义上说：
把表示当成本体，是工具量子论和传统量子力学的一个默认惯例，
正是这个惯例造成了量子力学既强大又“神秘”、既可算又难懂的核心症结。
5 自然量子论的对策：重建本体，将表示放回工具位置
自然量子论所做的，其实就是把这条隐藏的 convention 翻到台面上，然后反向操作：
首先重建一个清晰的物理本体图景
唯一本体是连续场（含其拓扑结构）；
粒子是场的局域稳定涡旋/拓扑解；
自旋是场内部角动量结构与磁矩耦合的真实空间性质；
强、弱、电磁在高阶/拓扑层面统一为同一本体场的不同相位或模式。
在此基础上，重新理解量子形式为“本体的谱–统计表示”
薛定谔方程与波函数 → 场本体的频谱展开与全局模式编码；
不确定性 → 全局谱方法的数学限制，而非本体禁令；
自旋二值空间 → 原子光谱中两类稳定自旋–轨道耦合本征态的线性代数封装。
把表示降回“工具”的正当位置
波函数、算符、希尔伯特空间代数，仍然是极为强大的工具；
但它们不再被当成“世界本身就长成这个函数”的本体论陈述，而是“我们如何在给定本体下做全局分析与概率预测”的工作语言。
这样一来：
工具层面的强大计算能力被保留甚至强化；
本体层面的可理解性被恢复；
神秘感不再来自“世界本身荒诞”，而来自我们对工具与本体长期混淆的历史遗产。
自旋只是一个例子，波函数、不确定性、测量、波粒二象性、标准模型的规范拼合等，都可以在同一框架下被重新审视：不是“量子世界本身神秘”，而是“我们约定用数学表示代替本体，并把这一约定遗忘了”。